El franciscano fray Juan de Santa Gertrudis, en su crónica del viaje entre 1756- 1762 por el sur del Reino de Nueva Granada, publicada en cuatro tomos con el título de “Maravillas de la naturaleza”, menciona el santuario en el libro III,[2] siendo posiblemente la referencia más antigua de su existencia.
Posteriormente, monseñor Justino Mejia y Mejia, capellán del santuario entre 1944 a 1977, e historiador, nos refiere la historia actualmente aceptada y que cuenta como alrededor de 1754 la imagen de la Virgen del Rosario fue descubierta por una indígena llamada María Mueses con Rosa, su pequeña hija, cuando se dirigían de Ipiales a su casa en Potosí; al verse sorprendidas por una tormenta, María y su hija, buscaron refugio a la vera del camino entre las oquedades formadas por las piedras planas y anchas o losas naturales (lajas) inmensas que caracterizan esa zona del cañón del río. Para sorpresa de la madre, la niña que hasta ese momento era considerada sordomuda llama su atención con las palabras: "Mamita, la mestiza me llama..." señalando la pintura seguramente iluminada en forma sugestiva por los relámpagos.[3]
Después de que las autoridades y los habitantes de la región comprobaran la verdad de los hechos, que fueron calificados como prodigio por las autoridades eclesiásticas el 15 de septiembre de 1754, el lugar fue convertido en una referencia para toda la comarca incluyendo el norte del Ecuador y se procedió a edificar el santuario cuya historia tiene cinco épocas bien definidas.[1]
